Dentro de su estructura organizacional; FUDI cuenta con 3 Centros operativos a través de los cuales se ejecutan los proyectos de desarrollo rural. Estos centros cuentan con líneas estratégicas de operación según su especialidad:

Utz Samaj:       Agrícola y Pecuaria

Aq´on Jay:       Salud Escolar Comunitaria, Centros de Atención Comunitaria, Escuela de Educación en Salud y el Centro de Atención y Referencias Médicas

Ixoqi´:              Formación Técnica, Empresarial y Humana

Utz Samaj, Centro de Promoción Rural